$解:(1)由y=x-3得A(3,0)、B(0,-3)$
$∵抛物线经过点(3,0)、(-1,0)$
$∴设抛物线为y=a(x-3)(x+1)$
$将点C(0,-3)代入得a=1$
$∴抛物线的函数表达式为y=(x-3)(x+1),即y=x^2-2x-3$
$(2)设点D坐标为(m,m-3),则点E坐标为(m,\mathrm {m^2}-2m-3)$
$DE=m-3-(\mathrm {m^2}-2m-3)=-\mathrm {m^2}+3m=-(m-\frac 32)^2+\frac 94$
$∴DE的长度最大值为\frac 94$