解:$(1)$∵在矩形$ABCD$中,$AB=6$,$AD=8$,$ ∠ADC=90°$
∴$DC=AB=6$,$AC=\sqrt {AD^2+DC^2}=10$
若$△PCD$是等腰三角形,则分以下$3$种情况:
$①$当$CP=CD$时,$AP=AC-CP=10-6=4$
$②$当$PD=PC$时,$∠PDC=∠PCD$
∵$∠PCD+∠PAD=∠PDC+∠PDA=90°$,∴$∠PAD=∠PDA$
∴$PD=PA$,∴$PA=PC$
∴$AP=\frac {1}{2}AC=5$
$③$当$DP=DC$时,如图①,过点$D$作$DQ⊥AC$于点$Q$,则$PQ=CQ$
∵$S_{△ADC}=\frac {1}{2}AD·DC=\frac {1}{2}AC·DQ$
∴$DQ=\frac {AD·DC}{AC}=\frac {24}{5}$
∴$CQ=\sqrt {DC^2-DQ^2}=\frac {18}{5}$
∴$PC=2CQ=\frac {36}{5}$
∴$AP=AC-PC=10-\frac {36}{5}=\frac {14}{5}$
综上所述,$AP $的长为$4$或$5$或$\frac {14}{5}$
$(2)CF⊥AC$
理由如下:如图②,连接$PF$、$DE$交于点$O$,连接$OC$
∵四边形$ABCD$是矩形,∴$∠BCD=90°$
∵四边形$PEFD$是矩形,∴$OE=OD$,∴$OC=\frac {1}{2}ED$
∵在矩形$PEFD$中,$PF=DE$,∴$OC=\frac {1}{2}PF$
∵$OP=OF=\frac {1}{2}PF$,∴$OC=OP=OF$
∴$∠OCF=∠OFC$,$∠OCP=∠OPC$
∵$∠OPC+∠OFC+∠PCF=180°$
∴$2∠OCP+2∠OCF=180°$,∴$∠OCP+∠OCF=90°$
∴$∠PCF=90°$,∴$CF⊥AC$