解:$(1)$设运动时间为$ts$
由题意得$BP=AB-AP=(6-t)\mathrm {cm},$$BQ=2t\mathrm {cm}$
∴$S_{△PBQ}=\frac 12(6-t)×2t=8$
解得$t_1=2,$$t_2=4$
∴运动开始后$2s$或$4s,$$△PBQ$的面积等于$8\ \mathrm {cm^2}$
$(2)$由题意得$S=6×12-\frac 12×(6-t)×2t=t^2-6t+72$
自变量$t$的取值范围为$0≤t≤6$
$(3)S=t^2-6t+72=(t-3)^2+63$
当$t=3$时,$S$最小,最小为$63\ \mathrm {cm^2}$