解:$(1)$∵四边形$ABCD$是矩形,
∴$AD= BC=6\ \mathrm {cm},$$CD= AB=12\ \mathrm {cm}.$
由题意得$AP=2t\ \mathrm {cm},$$DQ=2t\ \mathrm {cm},$
∴$AQ=AD- DQ=(6- 2t)\ \mathrm {cm} $
∴$AQ=AP,$
即$2t=6-2t,$
解得$t=\frac 32$
当$t= \frac 32$时,$△QAP $为等腰直角三角形
$ (2)$分三种情况:①当$0≤t≤3$时,如图①,
由题意得$AP=2t\ \mathrm {cm},$$DQ=2t\ \mathrm {cm},$
∴$AQ=AD-DQ=(6-2t)\ \mathrm {cm},$$BP=(12-2t)\ \mathrm {CM}.$
∴$S_{△CPQ}=S_{矩形ABCD}-S_{△BCP}-S_{△CDQ}$
$ =12×6-\frac 12×2t×(6-2t)-\frac 12×(12- 2t)×6-\frac 12×12×2t$
$ =(2t²-12t+36)\ \mathrm {cm}²;$
②当$3<t≤6$时,如图②,
由题意得$AP= 2t\ \mathrm {cm},$$AQ= (2t-6)\ \mathrm {cm},$
∴$PQ=AP-AQ=6\ \mathrm {cm},$
∴$S_{△CPQ}=\frac 12PQ×BC=\frac 12×6×6=18(\ \mathrm {cm}²);$
③当$6<t≤9$时,如图③,
由题意得$BP= (2t- 12)\ \mathrm {cm},$$AQ=(2t- 6)\ \mathrm {cm},$
∴$CP=6-BP=(18- 2t)\ \mathrm {cm},$$BQ=12-AQ=(18- 2t)\ \mathrm {cm}.$
∴$S_{△CPQ}=\frac 12×CP×BQ=\frac 12×(18-2t)²=(2t²-36t+162)\ \mathrm {cm}²$