$解:(1)设该轮船在静水中的速度是x\ \mathrm {km/h},水流速度是y\ \mathrm {km/h}$
$根据题意,得 \begin{cases}{6(x+y)=90 } \\{(6+4)(x-y)=90} \end{cases}$
$解得\begin{cases}x= 12\\y=3\end{cases}$
$答:轮船在静水中的速度是12\ \mathrm {km/h},水流速度是3\ \mathrm {km/h}。$
$(2)设甲地和丙码头之间相距a\ \mathrm {km},$
$则乙地和丙码头之间相距(90-a)\ \mathrm {km}$
$根据题意,得\frac {a}{12+3}=\frac {90-a}{12-3}$
$解得a =56.25$
$答:甲地和丙码头之间相距56.25\ \mathrm {km}。$