$解:(1)设菜苗基地每捆\mathrm{A}种菜苗的价格是x元,$
$根据题意,得\frac{300}{x}=\frac{300}{\frac 54x}+3,解得x=20,$
$经检验,x=20是所列方程的解,且符合题意.$
$答:菜苗基地每捆\mathrm{A}种菜苗的价格是20元.$
$(2)设购买\mathrm{A}种菜苗m捆,则购买\mathrm{B}种菜苗(100-m)捆,$
$ ∵\mathrm{A}种菜苗的捆数不超过\mathrm{B}种菜苗的捆数,∴m≤100-m,解得m≤50,$
$ 设本次购买花费w元,$
$ ∴w=20×0.9m+30×0.9(100-m)=-9m+2700,$
$ ∵-9\lt 0,∴w随m的增大而减小,∴m=50时,w取最小值,$
$ 最小值为-9×50+2700=2250.$
$ 答:本次购买最少花费2250元.$